爭存在宗教因素，却並没有严格意义上的宗教战爭，不会因为信仰不同就打起来。
他们对於此事感到很是奇怪，一些人觉得蛮夷就是蛮夷，不能当正常人看待。同时他们对天主教產生了警惕，开始倾向禁教，免得大明子民信教的人数多了，发生宗教战爭。
对此，朱由检考虑之后，说道：
“除了耶穌会外，基督教其它教派，不得在大明传播。”
“若有耶穌会之外的基督教传教士来大明传教，耶穌会和其它佛道教派，皆有责任检举。”
通过给耶穌会传教特权，让他们对付基督教其它教派。
毕竟在朱由检看来，耶穌会的传教士还是有些作用的，他们带来了很多西方科学知识，给大明的思想文化带来很大衝击。从一些方面来说，他们是有积极作用的。
而且耶穌会的教义，和其它基督教派差异很大。甚至派他们来大明传教的罗马教廷，都不见得能接受他们的教义——
这是最有可能本土化，对抗基督教其它教派的教派。 如果耶穌会能完成本土化，它有可能像东正教、新教一样，成为基督教的一个新教派。
甚至反过去向泰西传播，让泰西人通过这个教派，接受大明学问。
为了达到这个目的，朱由检决定把耶穌会的教义，和佛道二教融合，让它更加本土化。
看著垂首不语、不知在想什么的徐光启，朱由检道：
“听说天主、上帝的名字，是徐卿和利玛竇等人一起翻译的。”
“徐卿能不能说说，为何如此翻译？”
徐光启听到问话，整理一下心情，说道：
“吾天主乃古经书所称上帝也。《中庸》引孔子曰：郊社之礼，所以事上帝也”
“上帝有庭，则不以苍天为上帝可知。歷观古书，而知上帝与天主，特异以名也。”
“故而利师在翻译时，称为天主、上帝。”
“去年在嘉定聚会时，还商討过译名。”
朱由检听到嘉定会议，对此颇感兴趣，让徐光启仔细解说，把那些传教士的意见道出来。
徐光启当然不愿说，因为他知道说得越详细，耶穌会的教义越容易被人攻击。
但是在皇帝的要求下，他只能简单提了提，把各个传教士的意见道出来。
即使他说得已经很温和了，群臣在听到一些传教士提出的不许拜其它神、不许祭孔祭祖、不许纳妾还是感觉受到了很大衝击，对那些反对祭孔祭祖的传教士很是敌视，赞同禁教的大臣也多了起来。
更有人看徐光启的目光，也发生了变化，觉得这个和传教士混在一起的大学士，不是儒家门人。
一些科道言官感觉看到了机会，更是开始乱喷。还有人弹劾徐光启，认为他不配当大学士，应该立刻罢免。
徐光启面对弹劾，只能脱帽请罪。朱由检不想失去这个能臣，让太监把徐光启搀起来，说道：
“耶穌会没有被禁，朝廷不会因为官员信仰耶穌会就罢免。”
“但是你们这个耶穌会的教义，还是要改一改。”
“你们引用孔子的话定了译名，怎么能不允许祭孔呢？”
“那些传教士的说法，实在是没道理！”
给这件事定了性质，朱由检又说道：
“天主、上帝这两个译名，实在是太空泛。”
“天主是哪一天的主人？是西天之主如来世尊，还是太清天之主道德天尊？”
“朕听说天主居於天堂，是否应该称为天堂之主，明確天主的身份？”
“上帝这个名称同样如此，是代指玄天上帝呢？还是代指勾陈上宫天皇大帝？”
“总不能代指皇天上帝，想夺了皇天的名位？”
群臣听闻此言，对天主教恶感更甚。这种不明確哪一天的天主，在他们看来是想作为天的主人。上帝一说说法，也是想侵夺皇天上帝名位。
所以他们纷纷认为，天子应该代天封神，给天主教神灵册封神位，明確是哪一天之主、又是哪个上帝。
朱由检在他们的支持下，给de定下天堂之主、陡斯天主、陡斯天尊、陡斯上帝、陡斯上神等译名，让徐光启去和传教士商议，看他们更认同哪一个。
在他们议定之后，自己再正式册封——
如果耶穌会能接受，那么天主就成了诸多天界的主人之一、上帝也成了玄天上帝那样的神灵。民眾能在祭拜真武玄天上帝、太清道德天尊、西天如来佛祖等神仙时，同时祭拜他们。
用这一个方式，把基督教诸神像佛教诸神一样，融入中国传统神话体系。未来天堂诸神，可以像灵山诸神那样，作为天庭诸神之外，相对独立的外藩神灵。
这在朱由检看来，是把基督教彻底本土化的方式。耶穌会的传教士能够接受最好，不接受的话，以现在群臣的態度，估计会支持禁教，把他们赶出大明去。
徐光启听著群臣的言语，明显想到了这个后果。此时他真觉得心里发苦，为耶穌会前途而忧心。
在今日开会之前，他是实在没想到，这个针对